Indonesia mempunyai karakteristik khusus, baik dilihat dari posisi, maupun keberadaanya, sehingga mempunyai karakteristik iklim yang spesifik. Di Indonesia terdapat tiga jenis iklim yang mempengaruhi iklim di Indonesia, yaitu iklim musim (muson), iklim tropica (iklim panas), dan iklim laut.
1. Iklim Musim (Iklim Muson)
Iklim jenis ini sangat dipengaruhi oleh angin musiman yang berubah-ubah setiap periode tertentu. Biasanya satu periode perubahan angin muson adalah 6 bulan. Iklim musim terdiri dari 2 jenis, yaitu Angin musim barat daya (Muson Barat) dan Angin musim timur laut (Muson Tumur). Angin muson barat bertiup sekitar bulan Oktober hingga April yang basah sehingga membawa musim hujan/penghujan. Angin muson timur bertiup sekitar bulan April hingga bulan Oktober yang sifatnya kering yang mengakibatkan wilayah Indonesia mengalami musim kering/kemarau.
2. Iklim Tropis/Tropika (Iklim Panas)
Wilayah yang berada di sekitar garis khatulistiwa otomatis akan mengalami iklim tropis yang bersifat panas dan hanya memiliki dua musim yaitu musim kemarau dan musim hujan. Umumnya wilayah Asia tenggara memiliki iklim tropis, sedangkan negara Eropa dan Amerika Utara mengalami iklim subtropis. Iklim tropis bersifat panas sehingga wilayah Indonesia panas yang mengundang banyak curah hujan atau Hujan Naik Tropika.
3. Iklim Laut
Iklim di Indonesia telah menjadi lebih hangat selama abad 20. Suhu rata-rata tahunan telah meningkat sekiitar 0,3 oC sejak 1900 dengan suhu tahun 1990an merupakan dekade terhangat dalam abad ini dan tahun 1998 merupakan tahun terhangat, hampir 1oC di atas rata-rata tahun 1961-1990. Peningkatan kehangatan ini terjadi dalam semua musim di tahun itu. Curah hujan tahunan telah turun sebesar 2 hingga 3 persen di wilayah Indonesia di abad ini dengan pengurangan tertinggi terjadi selama perioda Desember- Febuari, yang merupakan musim terbasah dalam setahun. Curah hujan di beberapa bagian di Indonesia dipengaruhi kuat oleh kejadian El Nino dan kekeringan umumnya telah terjadi selama kejadian El Nino terakhir dalam tahun 1082/1983, 1986/1987 dan 1997/1998.
Beberapa kajian untuk wilayah Indonesia telah dilakukan berdasarkan observasi, model global dan skenario dengan adanya perubahan curah hujan dan suhu di berbagai lokasi, diantaranya untuk Kota Jakarta.
Dari rata-rata bulanan terdapat tren kenaikan di lokasi Jakarta dari tahun 1900 hingga tahun 2000 antara observasi dan model (gambar 3). Dengan pengertian cenderung mengalami kenaikan 8% (CGCM) dan 2% (CSIRO). Periode 1900-2000 nampak jelas terjadi kenaikan temperatur, hal ini ditunjukkan dengan tren perubahan bertanda positif.
Hasil yang berbeda pada perubahan musim atas Indonesia yang diungkapkan oleh dua model yang berbeda, Hadcm3 (Hadley Pusat Iklim, UK) dan GISS-ER (Goddard Institut untuk Space/ Studies, NASA- AS) (Wenhong Li, 2006 dalam Canadell et al., 2006) gambar 4. Dari hasil Syahbuddin dkk (2007) dengan menggunakan model ARPEGE (Action de Recherche Petite Echelle Grande Echelle) Climat versi 3.0. berdasarkan simulasi zonasi curah hujan untuk periode 1950-1979 dan periode 2010-2039. diperkirakan akan terjadi peningkatan curah hujan di wilayah Indonesia pada tahun 2010-2039 yang ditandai dengan anomali positif zona konveksi dan peningkatan temperatur seperti yang tercantum pada gambar 5 dibawah ini.